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Review

DNA Polymerases for Whole Genome Amplification: Considerations and Future Directions

Publicado en:INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES. 24 (11): 9331- - 2023-06-01 24(11), DOI: 10.3390/ijms24119331

Autores: Ordonez, Carlos D; Redrejo-Rodriguez, Modesto

Afiliaciones

CIC bioGUNE - Autor o Coautor
CIC BioGUNE, Bizkaia Sci & Technol Pk,Bldg 800, Derio 48160, Spain - Autor o Coautor
CSIC UAM, Inst Invest Biomed Alberto Sols, Madrid 28029, Spain - Autor o Coautor
CSIC-UAM - Instituto de Investigaciones Biomédicas Alberto Sols (IIBM) - Autor o Coautor
Univ Autonoma Madrid, CSIC UAM, Dept Biochem, Madrid 28029, Spain - Autor o Coautor
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Resumen

In the same way that specialized DNA polymerases (DNAPs) replicate cellular and viral genomes, only a handful of dedicated proteins from various natural origins as well as engineered versions are appropriate for competent exponential amplification of whole genomes and metagenomes (WGA). Different applications have led to the development of diverse protocols, based on various DNAPs. Isothermal WGA is currently widely used due to the high performance of Φ29 DNA polymerase, but PCR-based methods are also available and can provide competent amplification of certain samples. Replication fidelity and processivity must be considered when selecting a suitable enzyme for WGA. However, other properties, such as thermostability, capacity to couple replication, and double helix unwinding, or the ability to maintain DNA replication opposite to damaged bases, are also very relevant for some applications. In this review, we provide an overview of the different properties of DNAPs widely used in WGA and discuss their limitations and future research directions.

Palabras clave

abasic sitesbinding domainbst dna polymerasedna polymeraseenzymatic amplificationescherichia-colifidelitygenetic informationin-vitromultiple displacement amplificationpcrphi 29 dna polymeraseprocessivitypyrococcus-furiosustranslesion synthesiswhole genome amplificationy-familyBst dna polymeraseDnaDna polymeraseDna-directed dna polymeraseFidelityGenome, viralHairpin-helix motifsMultiple displacement amplificationNucleic acid amplification techniquesPcrPolymerase chain reactionProcessivityTranslesion synthesisWhole genome amplificationΦ29 dna polymerase

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES debido a la progresión y el buen impacto que ha alcanzado en los últimos años, según la agencia WoS (JCR), se ha convertido en una referencia en su campo. En el año de publicación del trabajo, 2023, se encontraba en la posición 66/313, consiguiendo con ello situarse como revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoría Biochemistry & Molecular Biology.

Desde una perspectiva relativa, y atendiendo al indicador del impacto normalizado calculado a partir del Field Citation Ratio (FCR) de la fuente Dimensions, arroja un valor de: 5.79, lo que indica que, de manera comparada con trabajos en la misma disciplina y en el mismo año de publicación, lo ubica como trabajo citado por encima de la media. (fuente consultada: Dimensions Jun 2025)

De manera concreta y atendiendo a las diferentes agencias de indexación, el trabajo ha acumulado, hasta la fecha 2025-06-11, el siguiente número de citas:

  • WoS: 8
  • Scopus: 10
  • Europe PMC: 8
  • OpenCitations: 10

Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2025-06-11:

  • El uso, desde el ámbito académico evidenciado por el indicador de la agencia Altmetric referido como agregaciones realizadas por el gestor bibliográfico personal Mendeley, nos da un total de: 37.
  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 36 (PlumX).

Con una intencionalidad más de divulgación y orientada a audiencias más generales podemos observar otras puntuaciones más globales como:

  • El Score total de Altmetric: 11.15.
  • El número de menciones en la red social X (antes Twitter): 12 (Altmetric).
  • El número de menciones en Wikipedia: 1 (Altmetric).

Es fundamental presentar evidencias que respalden la plena alineación con los principios y directrices institucionales en torno a la Ciencia Abierta y la Conservación y Difusión del Patrimonio Intelectual. Un claro ejemplo de ello es:

  • El trabajo se ha enviado a una revista cuya política editorial permite la publicación en abierto Open Access.
  • Asignación de un Handle/URN como identificador dentro del Depósito en el Repositorio Institucional: http://hdl.handle.net/10486/708597

Análisis de liderazgo de los autores institucionales

Existe un liderazgo significativo ya que algunos de los autores pertenecientes a la institución aparecen como primer o último firmante, se puede apreciar en el detalle: Último Autor (REDREJO RODRIGUEZ, MODESTO).

el autor responsable de establecer las labores de correspondencia ha sido REDREJO RODRIGUEZ, MODESTO.