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Mayoral-Campos CAutor o CoautorRedrejo-Rodríguez MAutor (correspondencia)

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A primer-independent DNA polymerase-based method for competent whole-genome amplification of intermediate to high GC sequences

Publicado en:NAR GENOMICS AND BIOINFORMATICS. 5 (3): lqad073-lqad073 - 2023-09-01 5(3), DOI: 10.1093/nargab/lqad073

Autores: Ordonez, Carlos D; Mayoral-Campos, Carmen; Egas, Conceicao; Redrejo-Rodriguez, Modesto

Afiliaciones

Biocant, Transfer Technology Association, Cantanhede, Portugal. - Autor o Coautor
Center for Neuroscience and Cell Biology, University of Coimbra, Coimbra, Portugal. - Autor o Coautor
Centro de Biologia Molecular Severo Ochoa, CSIC-UAM, Madrid, Spain. - Autor o Coautor
Departamento de Bioquímica, Universidad Autónoma de Madrid (UAM) and Instituto de Investigaciones Biomédicas Sols-Morreale (CSIC-UAM), Madrid, Spain. - Autor o Coautor
Transfer Technol Assoc, Biocant, Cantanhede, Portugal - Autor o Coautor
UAM, Ctr Biol Mol Severo Ochoa, CSIC, Madrid, Spain - Autor o Coautor
UAM, Inst Invest Biomed Sols Morreale CSIC, Madrid, Spain - Autor o Coautor
Univ Autonoma Madrid UAM, Dept Bioquim, Madrid, Spain - Autor o Coautor
Univ Coimbra, Ctr Neurosci & Cell Biol, Coimbra, Portugal - Autor o Coautor
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Resumen

Multiple displacement amplification (MDA) has proven to be a useful technique for obtaining large amounts of DNA from tiny samples in genomics and metagenomics. However, MDA has limitations, such as amplification artifacts and biases that can interfere with subsequent quantitative analysis. To overcome these challenges, alternative methods and engineered DNA polymerase variants have been developed. Here, we present new MDA protocols based on the primer-independent DNA polymerase (piPolB), a replicative-like DNA polymerase endowed with DNA priming and proofreading capacities. These new methods were tested on a genomes mixture containing diverse sequences with high-GC content, followed by deep sequencing. Protocols relying on piPolB as a single enzyme cannot achieve competent amplification due to its limited processivity and the presence of ab initio DNA synthesis. However, an alternative method called piMDA, which combines piPolB with Φ29 DNA polymerase, allows proficient and faithful amplification of the genomes. In addition, the prior denaturation step commonly performed in MDA protocols is dispensable, resulting in a more straightforward protocol. In summary, piMDA outperforms commercial methods in the amplification of genomes and metagenomes containing high GC sequences and exhibits similar profiling, error rate and variant determination as the non-amplified samples.© The Author(s) 2023. Published by Oxford University Press on behalf of NAR Genomics and Bioinformatics.

Palabras clave

biasnumberssamplessingleDisplacement amplification

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista NAR GENOMICS AND BIOINFORMATICS debido a la progresión y el buen impacto que ha alcanzado en los últimos años, según la agencia WoS (JCR), se ha convertido en una referencia en su campo. En el año de publicación del trabajo, 2023, se encontraba en la posición 8/66, consiguiendo con ello situarse como revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoría Mathematical & Computational Biology.

2025-06-23:

  • WoS: 1
  • Scopus: 1
  • Europe PMC: 1

Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2025-06-23:

  • El uso, desde el ámbito académico evidenciado por el indicador de la agencia Altmetric referido como agregaciones realizadas por el gestor bibliográfico personal Mendeley, nos da un total de: 11.
  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 11 (PlumX).

Con una intencionalidad más de divulgación y orientada a audiencias más generales podemos observar otras puntuaciones más globales como:

  • El Score total de Altmetric: 17.35.
  • El número de menciones en la red social X (antes Twitter): 32 (Altmetric).

Es fundamental presentar evidencias que respalden la plena alineación con los principios y directrices institucionales en torno a la Ciencia Abierta y la Conservación y Difusión del Patrimonio Intelectual. Un claro ejemplo de ello es:

  • El trabajo se ha enviado a una revista cuya política editorial permite la publicación en abierto Open Access.
  • Asignación de un Handle/URN como identificador dentro del Depósito en el Repositorio Institucional: https://repositorio.uam.es/handle/10486/708396

Análisis de liderazgo de los autores institucionales

Este trabajo se ha realizado con colaboración internacional, concretamente con investigadores de: Portugal.

Existe un liderazgo significativo ya que algunos de los autores pertenecientes a la institución aparecen como primer o último firmante, se puede apreciar en el detalle: Primer Autor (Ordóñez CD) y Último Autor (REDREJO RODRIGUEZ, MODESTO).

el autor responsable de establecer las labores de correspondencia ha sido REDREJO RODRIGUEZ, MODESTO.