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22 de mayo de 2023
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Artículo

A new chromosome-assigned mongolian gerbil genome allows characterization of complete centromeres and a fully heterochromatic chromosome

Publicado en: Molecular Biology And Evolution. 40 (5): msad115- - 2023-05-02 40(5), DOI: 10.1093/molbev/msad115

Autores:

Brekke, TD; Papadopulos, AST; Julià, E; Fornas, O; Fu, BY; Yang, FT; de la Fuente, R; Page, J; Baril, T; Hayward, A; Mulley, JF
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Afiliaciones

Department of Experimental Embryology, Institute of Genetics and Animal Biotechnology of the Polish Academy of Sciences, Jastrzębiec, 05-552 Magdalenka, Poland. - Autor o Coautor
Bangor Univ, Sch Nat Sci, Gwynedd, Wales - Autor o Coautor
Barcelona Inst Sci & Technol BIST, Ctr Genom Regulat CRG, Barcelona, Spain - Autor o Coautor
Cambridge Epigenetix, Cambridge, England - Autor o Coautor
Cambridge Epigenetix, The Trinity Building, Chesterford Research Park, Cambridge, CB10 1XL, UK. - Autor o Coautor
Centre for Genomic Regulation (CRG), Barcelona, Spain. - Autor o Coautor
Departamento de Biología, Facultad de Ciencias, Universidad Autonoma de Madrid, 28049, Madrid, Spain. - Autor o Coautor
Polish Acad Sci, Inst Genet & Anim Biotechnol, Dept Expt Embryol, Magdalenka, Poland - Autor o Coautor
Pompeu Fabra Univ, Flow Cytometry Unit, Barcelona, Spain - Autor o Coautor
Pompeu Fabra University (UPF), Barcelona, Spain. - Autor o Coautor
School of Natural Sciences, Bangor University, Bangor, Gwynedd, LL57 2DG, United Kingdom. - Autor o Coautor
Shandong Univ Technol, Sch Life Sci & Med, Zibo, Peoples R China - Autor o Coautor
Univ Autonoma Madrid, Fac Ciencias, Dept Biol, Madrid, Spain - Autor o Coautor
Univ Exeter, Ctr Ecol & Conservat, Cornwall, England - Autor o Coautor
University of Exeter, Penryn Campus, Cornwall, TR10 9FE, United Kingdom. - Autor o Coautor
Ver más

Resumen

Chromosome-scale genome assemblies based on ultra-long read sequencing technologies are able to illuminate previously intractable aspects of genome biology such as fine-scale centromere structure and large-scale variation in genome features such as heterochromatin, GC content, recombination rate, and gene content. We present here a new chromosome-scale genome of the Mongolian gerbil (Meriones unguiculatus) which includes the complete sequence of all centromeres. Gerbils are thus the one of the first vertebrates to have their centromeres completely sequenced. Gerbil centromeres are composed of four different repeats of length 6pb, 37 bp, 127 bp, or 1747bp which occur in simple alternating arrays and span 1-6Mb. Gerbil genomes have both an extensive set of GC-rich genes and chromosomes strikingly enriched for constitutive heterochromatin. We sought to determine if there was a link between these two phenomena and found that the two heterochromatic chromosomes of the Mongolian gerbil have distinct underpinnings: Chromosome 5 has a large block of intra-arm heterochromatin as the result of a massive expansion of centromeric repeats, while chromosome 13 is comprised of extremely large (>150 kb) repeated sequences. In addition to characterizing centromeres, our results demonstrate the importance of including karyotypic features such as chromosome number and the locations of centromeres in the interpretation of genome sequence data, and highlight novel patterns involved in the evolution of chromosomes.© The Author(s) 2023. Published by Oxford University Press on behalf of Society for Molecular Biology and Evolution.
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Palabras clave

merionescentromereschromosome evolutiongenomekaryotypeAnimalsCentromereCentromeresChromosome evolutionGenomeGerbillinaeHeterochromatinKaryotypeMerionesRepetitive sequences, nucleic acid

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista MOLECULAR BIOLOGY AND EVOLUTION debido a la progresión y el buen impacto que ha alcanzado en los últimos años, según la agencia WoS (JCR), se ha convertido en una referencia en su campo. En el año de publicación del trabajo, 2023, se encontraba en la posición 8/191, consiguiendo con ello situarse como revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoría Genetics & Heredity. Destacable, igualmente, el hecho de que la Revista está posicionada por encima del Percentil 90.

Desde una perspectiva relativa, y atendiendo al indicador del impacto normalizado calculado a partir de las Citas Mundiales proporcionadas por WoS (ESI, Clarivate), arroja un valor para la normalización de citas relativas a la tasa de citación esperada de: 1.06. Esto indica que, de manera comparada con trabajos en la misma disciplina y en el mismo año de publicación, lo ubica como trabajo citado por encima de la media. (fuente consultada: ESI 13 Nov 2025)

Esta información viene reforzada por otros indicadores del mismo tipo, que aunque dinámicos en el tiempo y dependientes del conjunto de citaciones medias mundiales en el momento de su cálculo, coinciden en posicionar en algún momento al trabajo, entre el 50% más citados dentro de su temática:

  • Media Ponderada del Impacto Normalizado de la agencia Scopus: 1.4 (fuente consultada: FECYT Mar 2025)

De manera concreta y atendiendo a las diferentes agencias de indexación, el trabajo ha acumulado, hasta la fecha 2026-04-05, el siguiente número de citas:

  • WoS: 7
  • Scopus: 6
  • Europe PMC: 9
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Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2026-04-05:

  • El uso, desde el ámbito académico evidenciado por el indicador de la agencia Altmetric referido como agregaciones realizadas por el gestor bibliográfico personal Mendeley, nos da un total de: 8.
  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 8 (PlumX).

Con una intencionalidad más de divulgación y orientada a audiencias más generales podemos observar otras puntuaciones más globales como:

  • El Score total de Altmetric: 7.
  • El número de menciones en la red social X (antes Twitter): 13 (Altmetric).

Es fundamental presentar evidencias que respalden la plena alineación con los principios y directrices institucionales en torno a la Ciencia Abierta y la Conservación y Difusión del Patrimonio Intelectual. Un claro ejemplo de ello es:

  • El trabajo se ha enviado a una revista cuya política editorial permite la publicación en abierto Open Access.
  • Asignación de un Handle/URN como identificador dentro del Depósito en el Repositorio Institucional: https://repositorio.uam.es/handle/10486/713003
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Análisis de liderazgo de los autores institucionales

Este trabajo se ha realizado con colaboración internacional, concretamente con investigadores de: China; Poland; United Kingdom.

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Reconocimientos ligados al ítem

The authors would like to thank two anonymous reviewers and the editor for their comments as well as Aaron Comeault, Martin Swain, Yichen Dai, Adam Hargreaves, Peter Holland, and Roddy Pracana for helpful discussions pertaining to the project, and Rebecca Snell for help with animal care, and also, David Thybert for providing the Psammomys genome assembly. T.D.B. would like to thank Kris Crandell. This work was supported by the Leverhulme Trust grant entitled "Decoding Dark DNA" (grant number RPG-2018-433) and by the National Environmental Research Council of the UK (grant number NE/R001081/1 to A.S.T.P) and by grant CGL2014-53106-P from Ministerio de Economia y Competitividad (Spain to J.P.). Unpublished genome assemblies for M. unguiculatus are used with permission from the DNA Zoo Consortium (dnazoo.org).
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